首先，非绿色认证的按摩店往往存在卫生问题。按摩作为一项直接接触皮肤的养生方式，卫生状况直接关系到消费者的健康。然而，一些按摩店为了降低成本，忽视了对店内环境的清洁与消毒，使得店内细菌滋生，甚至可能存在皮肤病等传染性疾病。消费者在这样的环境下接受按摩，无疑是对自己健康的极大威胁。

其次，非绿色认证的按摩店存在安全隐患。一些按摩店为了追求经济效益，忽视了对员工的专业培训和安全操作。在按摩过程中，由于操作不当，可能会给消费者带来疼痛、肌肉损伤甚至骨折等后果。此外，一些按摩店使用的按摩器材质量参差不齐，存在安全隐患，一旦发生意外，后果不堪设想。

再次，非绿色认证的按摩店可能存在虚假宣传。为了吸引消费者，一些按摩店在宣传时夸大其词，甚至编造虚假信息。消费者在不明真相的情况下，可能会被误导，选择了一家并不适合自己的按摩店，从而浪费了时间和金钱。

针对上述问题，有关部门应采取以下措施：

一是加强监管。加大对按摩店的检查力度，对不符合绿色认证标准的按摩店进行整改，对严重违规的予以处罚，确保按摩行业的健康发展。

二是提高按摩师的素质。加强对按摩师的专业培训，提高其业务水平和服务意识，使消费者在接受按摩时得到更好的体验。

三是加强宣传引导。通过媒体、网络等渠道，普及按摩养生知识，提高消费者的辨别能力，使其在选择按摩店时更加理性。

四是建立健全行业自律机制。鼓励按摩店积极参与绿色认证，引导行业树立良好形象，共同维护消费者的权益。

总之，上海按摩店非绿色认证现象不容忽视。有关部门、按摩店及消费者应共同努力，加强监管，提高服务质量，确保按摩行业健康有序发展，让消费者在享受按摩养生服务的同时，也能享受到安全、舒适的消费环境。